Pracownicy naukowi Katedry Taksonomii Roślin i Ochrony Przyrody oraz Katedry Ewolucji Molekularnej Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego zapraszają do udziału w Kursie Naukowym pt.

„LETNIA SZKOŁA TAKSONOMII” (edycja 2013)

Kurs odbędzie się w dniach: 18–20 września 2013 na Wydziale Biologii UG, ul. Wita Stwosza 59 w Gdańsku

KURS POPROWADZĄ: 

dr hab. prof. UG Piotr Rutkowski http://www.ktriop.bio.ug.edu.pl/katedra/pracownik/id/36

dr hab. prof. UG Joanna Mytnik-Ejsmont http://www.ktriop.bio.ug.edu.pl/katedra/pracownik/id/3

dr Przemysław Baranow http://www.ktriop.bio.ug.edu.pl/katedra/pracownik/id/19

dr Marta Kolanowska http://www.ktriop.bio.ug.edu.pl/katedra/pracownik/id/32

dr Marcin Górniak http://www.kem.ug.edu.pl/marcin-gorniak.html

oraz doktoranci KTRiOP (mgr Elżbieta Grochocka, mgr Sławomir Nowak).

PROGRAM

Dzień 1: TAKSONOMIA KLASYCZNA / PUBLIKACJA NAUKOWA

Taksonom: gatunek wymierający. Wprowadzenie do warsztatów. Najważniejsze zasady nomenklatury (na przykładzie ICN). Zmiany w Kodeksie. Efektywne opublikowanie. Ważne opublikowanie. Typowanie (wskazywanie lektotypu, neotypu). Nazwa ważna i nieważna, zachowana i odrzucona.

Publikacja nowego taksonu (na przykładzie ICN). Tworzenie nazw taksonów. Przygotowanie rycin do druku. Ilustrowane słowniki nomenklatoryczne. Łacina botaniczna.
Jak opublikować artykuł w czasopiśmie recenzowanym? Lista Thompson Reuters (tzw. “filadelfijska”, współczynnik Impact Factor. Index Hirscha. Lista MNiSW. Pozyskiwanie funduszy na badania. Dostęp do publikacji online. Elektroniczne bazy danych okazów. Wykorzystanie narzędzi internetowych w pracy taksonoma.

Dzień 2: ZASTOSOWANIE TAKSONOMII W BIOGEOGRAFII

Metody biogeografii opisowej (Panbiogeografia). Metody biogeografii kladystycznej (Cladistic Biogeography). Metody biogeograficznej analizy obszarów (Parsimony Analysis of endemicity PAE, Cladistic Analysis of Distributions and Endemism CADE, Nested Areas of Endemism Analysis NAEA, Ancestral Area Analisys AAA, Dispersal and Vicariance Analysis DIVA.

Modelowanie niszy i zasięgu gatunku Teoretyczne podstawy modelowania potencjalnego zasięgu. Przygotowanie własnej bazy danych. Współczesne mapy bioklimatyczne oraz dane paleoklimatyczne. Praca z aplikacją MaxEnt. Interpretacja wyników (ENMTools). Zastosowanie i ograniczenia ENM.

Dzień 3: TAKSONOMIA MOLEKULARNA

Analiza sekwencji DNA. Edycja sekwencji DNA (Chromas, FinchTV). Składanie sekwencji DNA (kontig) – określenie sekwencji konsensusowej. Analiza filogenetyczna 1. Dopasowywanie sekwencji (Seaview). Określenie modelu substytucji (JModeltest). Konstrukcja drzew filogenetycznych za pomocą metod opartych na cechach: parsymonii (maximum parsimony, MP), metoda bayesowska (Bayesian Inference): MEGA, BEAST.

Analiza filogenetyczna 2. Analiza i ocena wiarygodności drzewa za pomocą testu bootstrap. Obsługa programu PAUP w środowisku MAC OS 9. Jak otrzymać numer identyfikacyjny sekwencji (GenBank accession number) – obsługa programu Sequin oraz praca z bazą danych NCBI.

Opłata (990 zł) obejmuje: koszty wykładów oraz zajęć warsztatowych, materiały szkoleniowe, koszty poczęstunków w przerwach między zajęciami (gorące i zimne napoje, ciastka), koszt wspólnej kolacji w dniu 18.09, koszt wynajmu licencjonowanego przewodnika po Starówce Gdańskiej w dniu 19.09 oraz koszty organizacyjne.
Opłata nie obejmuje kosztów zakwaterowania i wyżywienia uczestników.

Uczestnicy proszeni są o zabranie własnych komputerów przenośnych. Każdemu
uczestnikowi nie posiadającemu swojego laptopa organizatorzy zapewniają dostęp do komputera.
Organizator zapewnia dostęp do sieci bezprzewodowej na terenie budynku, gdzie odbywają się zajęcia przez cały okres trwania kursu.
Uczestnicy mogą dokonać rezerwacji miejsc noclegowych w Domu Studenckim nr 6 (tuż
obok miejsca odbywania się zajęć, ul. Podwale Przedmiejskie 20, 300 m od Starówki). Uczestnicy sami dokonują wcześniejszej rezerwacji i wnoszą opłatę za nocleg bezpośrednio na miejscu. Chętnych prosimy o kontakt telefoniczny z Kierownikiem DS nr 6 (058 523 62 99, 7.00-15.00, ds6@ug.edu.pl).
Organizatorzy nie zapewniają wyżywienia, ale w pobliżu miejsca odbywania się zajęć znajduje się Gdańska Starówka, gdzie będą mogli Państwo skorzystać z oferty punktów gastronomicznych wedle własnego uznania.
Na zakończenie kursu uczestnicy otrzymają okolicznościowy certyfikat ukończenia
szkolenia.

Wszelkich informacji udzielają:
Dr hab. prof. UG Piotr Rutkowski piotr1rutkowski@gmail.com tel. 601 831 938
Dr hab. prof UG Joanna Mytnik-Ejsmont, dokjom@univ.gda.pl tel. 502 494 18

ZAPRASZAMY DO GDAŃSKA!:)